Funchal, siège du gouvernement de la région autonome de Madère, doit son nom au mot portugais "funcho", qui signifie fenouil. Lorsque les navigateurs portugais, dirigés par João Gonçalves Zarco, arrivèrent sur l'île de Madère en 1419, ils découvrirent une grande quantité de fenouil sauvage poussant sur les pentes de la région.
Dès la colonisation de Madère, Funchal a été choisi comme site du premier établissement permanent sur l'île, en raison de ses conditions géographiques favorables et de son port naturel. Les premiers colons portugais ont rapidement commencé à aménager la région pour l'agriculture, notamment la culture de la canne à sucre, qui deviendra un pilier économique de l'île pendant plusieurs siècles, et le vin de Madère qui connaîtra un important développement au 18e siècle, fort prisé par les Anglais. La ville de Funchal s'est ainsi progressivement développée autour de son port, devenant le principal centre urbain et commercial de Madère.
À partir du 16e siècle, la ville devient un centre administratif et culturel majeur de l'archipel de Madère. Le monastère de Santa Clara et la cathédrale de Funchal, construite au début du 16e siècle, sont parmi les premières grandes constructions religieuses qui marquent l'urbanisation de la ville.
Au 19e siècle, avec la fin du monopole de la canne à sucre et la consolidation de l'industrie vinicole, la ville se transforme progressivement en un centre touristique, notamment avec l'arrivée de visiteurs européens fortunés qui cherchent à profiter du climat agréable de l'île.
Depuis de début des années 2000, le tourisme connaît un fort essor grâce à la modernisation des infrastructures, la renommée croissante de l'île et toujours ce climat si agréable. La ville est ainsi devenue aujourd'hui un mélange fascinant de traditions anciennes et de modernité, offrant aux visiteurs une expérience unique de culture, d'histoire et de beauté naturelle.
